常用的SpCas9核酸酶是来自化脓性链球菌（Streptococcus pyogenes）, 但其分子较大（1368个氨基酸），不利于被AAV包装应用于基因治疗。来自金黄色葡萄球菌（Staphylococcusaureus）的SaCas9则相对较小（1053个氨基酸）。而来自于空肠弯曲杆菌（Campylobacterjejuni）的CjCas9（984个氨基酸）是目前发现的最小Cas9核酸酶，且也具有野生型SpCas9核酸酶的切割活性。因此，筛选小分子的Cas9核酸酶仍将是今后人们热衷研究的领域。

 

如同传统基因疗法技术所面临的问题一样，CRISPR技术应用到人疾病的防治仍需要采用病毒载体作为DNA的传递方式。目前基因治疗中最为常用的AAV载体系统本身也可能存在如传递效率和安全性等问题。另外，在体内长期存在的Cas9核酸酶，有可能产生非特异性切割作用，存在着诱发癌症发生的潜在风险。