目前，国内外没有严格的传染病模型的分类标准，但是，感染性病原动物模型的分类明显不同于一般动物模型的分类，因此，按照病原种类特性以及疾病表现程度应分为以下一些类型。

一、完全疾病表现模型

人源性病原体在动物中导致的疾病能全部或基本上拟似人类疾病临床表现、疾病过程、病理生理学变化、免疫学反应等疾病特征。在感染的动物中必须能检测到活性病原(病原体内复制)和诱导的特异性免疫抗体(机体改变)，这是病原导致疾病的直接证据，也是模型评判的根本要素。如一些寄生虫、细菌病原，宿主特异性不高，或一些人兽共患性病毒性病原能在动物上制备的模型。这类模型是最理想的疾病模型，能最大化实现疾病在动物上的再现。

二、部分疾病表现模型

人源性病原体在动物中导致的疾病能全部或部分明显拟似人类疾病临床表现、疾病过程、病理生理学变化、免疫学反应等疾病特征，必须能检测到活性病原和诱导的特异性免疫抗体。如一些原虫性寄生虫、细菌病原，或一些病毒性病原不能在动物上表现出完全疾病表现，这类模型也是较理想的疾病模型。

三、同类疾病模型或参比疾病模型

人源性病原体不能在动物中直接致病，但本动物或其他种类动物的相同科、属、种的病原，或人-动物重组病原导致的疾病能全部或部分明显拟似人疾病临床表现、疾病过程、病理生理学变化、免疫学反应等疾病特征，必须能检测到活性病原和诱导的特异性免疫抗体。如动物源性寄生虫、细菌病原，病毒性病原在动物上表现出完全类似人类疾病的特征，这类模型是较理想的参比疾病模型。

四、疾病病理模型

人源性病原体在动物中不能导致明显的拟似人类疾病临床表现、疾病过程等疾病特征，但病理学变化非常具有特征性并能在动物体内检测到活性病原和诱导的特异性免疫抗体。如一些寄生虫、细菌病原，它们有一定的宿主特异性，或一些病毒性病原常能在动物上出现明显的病理学改变。这类模型常常成为理想的比较医学用疾病模型，如临床病人不可能动态取样了解组织、器官病理改变，而动物模型则能实现实时了解动态变化，为疾病治疗等提供依据。

五、病原免疫模型

导入人源性或其他动物病原体不能在动物中致病，但能引起动物全部或部分明显拟似人类疾病免疫学反应等特征。一般检测不到活性病原，但能检测诱导的特异性免疫抗体。如一些宿主性强的寄生虫、细菌病原和病毒性病原，不能通过自然途径或体表途径接种感染而在体内复制，但可通过静脉、肌肉等途径导入机体，机体通过处理免疫原的方式产生抗体或细胞免疫。这类模型严格意义上讲不属于疾病模型，但是考虑到失活病原体成分也可引起类似疾病和免疫反应，在没有动物模型的情况下，也是一种选择。

六、基因工程疾病模型

将病原体的遗传物质(基因)经人工方法导入动物体基因组中，这些基因的表达，引起动物性状的可遗传性修饰，同时可能导致动物出现病原致病的某些变化而成为模型。这类模型应该能检测到导入的病原成分和诱导的特异性免疫抗体。这类模型主要针对一些目前还没有较理想动物模型的寄生虫、细菌和病毒病原。

七、复合疾病模型

将不同传染病病原感染动物，模拟人多重病原感染疾病的临床表现、疾病过程、病理生理学变化、免疫学反应等疾病特征，综合比较研究病原之间的相互作用。如疾病后期的复合感染等。

八、群体动物模型

一群动物感染某种病原后，检测不到全部动物发病、病原体内复制和出现免疫反应，或病原检测表现为在不同时间、不同部位，免疫检测时间不甚一致。此类模型，可通过计算群体动物发病百分率等指标来进行应用。

九、特殊疾病的模型

将病原导入免疫缺陷、疾病抵抗、胚胎动物、基因工程动物等特殊类型动物，制备特殊条件下的疾病表现动物模型，研究正常动物可能不会或不易检测到的疾病改变。