目前在如何提高CRISPR特异性方面的研究，多是通过改变Cas9核酸酶的活性与敏感性而进行的，如Cas9缺口酶（nickase）只对双链DNA进行单链缺口切割，达到增加CRISPR技术基因修饰的特异性。另外对Cas9基因本身活性位点进行特定修饰与筛选，获得具有相对于野生型Cas9更强特异性与敏感性的新型Cas9核酸酶如Cas9-HF1和eCas9等将有助于降低CRISPR的脱靶效应。