近期，耶鲁大学学者研发了一种新的方法可以分析保持自身稳定遗传序列的方法，该成果发布在12月26日的Nature Methods杂志上。据介绍这项研究成果是团队领导者Giraldez获布拉瓦特尼克年轻科学家奖的一部分原因，而奖项金额为25万美元。

分子界“罗塞塔石”出现，斑马鱼功不可没

基因表达的调节通常会提高mRNA定位和转录水平上的稳定性，然而如何解码功能性RNA调节元件仍然是理解体内转录后调控过程的一大难题。而研究员们开发的这种RNA元素选择分析实验（RESA，RNA Element Selection Assay）——一种基于其体内活性选择RNA元素的方法，可以结合高通量测序方法提供近核苷酸分辨率的定量测量监管功能。

“这是一种模块化的方法，能用于多个领域，根据研究人员想要知道的问题，分析基因组不同部位的意义。这就像是个分子‘罗塞塔石’，能帮助我们解码基因组中的功能元件，”Giraldez解释道。此研究成果被发布在12月26日的Nature Methods杂志上。

利用这种方法，Giraldez等人分析了斑马鱼基因组中数以百万RNA片段的稳定性或衰变性，从而获得了大量关于母本-受精卵转变期，基因关闭和激活的信息。虽然这个工具来自于斑马鱼，但是研究人员指出，RESA 可以跨越很多不同的物种，因此可以发现从小鼠到人体基因组中的多个有意义指令。

体内高通量手段——解密生命

研究员们分析了斑马鱼基因组中RNA片段的稳定性，发现RESA对体内微小核糖核酸可以有及其灵敏且定量的测量，并且还识别了一种新的调节序列。为了揭示调节元件内的特定序列要求，研究员进而开发了亚硫酸盐介导的核苷酸转换策略大规模突变分析实验（RESA–bisulfite）来映射候选蛋白RNA在体内的相互作用（RESA-cliP）。.

转录后细胞蛋白水平的调节控制是最关键的，mRNA调节途径的突变已经被发现与发育缺陷和人类疾病相关，也强调了mRNA调节元件的重要性。最近的已经有一些文献将质粒报道子与定制寡核苷酸组合，借以发现具有调节潜能的序列。然而，这些方法都无法在转录进程中全面鉴定离散调节元件这一缺点。

为了实现mRNA的全面监管，研究员们设计了一个具有灵活序列并有能力从大量候选区域中筛选出功能性RNA片段的体内报告系统。有别于常规的寡核苷酸合成，RESA是将序列扩增与随机片段化偶联，由此产生高度重叠的有效片段。

文章来源：杭州环特生物科技股份有限公司

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